雖然便攜紅外分析儀大多采用了加熱取樣、冷干脫水的預處理方法，以防止水分冷凝和氣態水分干擾。但事實上煙氣中的水分無法*去除，而且由于排放工況的變化和冷凝效率的原因，冷凝器的出口露點往往也存在波動。在高濕低濃度條件下，水分的干擾甚至超過了儀器本身的測量誤差，干擾誤差尤為明顯。
消除水分干擾誤差的方法通常有兩種：一是采用脫水裝置，二是設置水分傳感器并進行軟件補償。
采用脫水裝置的方法有采用干燥劑如無水高氯酸鎂，或者采用NAFION膜式干燥管。其主要問題在于需要經常更換，人為增加了運行維護成本。儀器生產廠家也有可能在檢定時使用脫水裝置， 但是在運行時為減少運行費用不采用該裝置，造成實際運行中的性能改變，導致儀器監測數據不確定度增加。
采用水分傳感器和軟件補償的方法一般只修正零點的水分干擾，且低端的分辨率較低。對于同時含水和含SO2,NO的氣體的修正精度很差。此外對于NO分析儀，由于在相同的氣室長度下，NO的分辨率低于H2O的分辨率，采用水分傳感器修正的方法對NO測定會造成很大的系統誤差。
的測試技術是在在傳統微流紅外傳感器的基礎上增加了特殊調水機構。它是通過將不同溫度下的飽和空氣依次通入紅外傳感器，通過調節調水機構，使得含有非冷凝水的氣體與零氣的信號一致，通過硬件調節及軟件線性修正，可zui大限度消除H2O（氣）對SO2、NO的干擾。進一步實驗結果還表明，通過該方法調節后的傳感器可以滿足各種水分含量條件下的水分干擾消除，干擾的程度可控制在5ppm以內。
為滿足類似高濕低濃度的測試條件，便攜紅外煙氣分析儀應zui大限度降低水分（氣）干擾的影響，以提高實際測試精度。
4.2 HC化合物對紅外儀器的影響
除了水分干擾以外，碳氫化合物，如焦化廠排放的氣態污染物中存在未燃盡的CH4、C2H6、C2H4等對于SO2的測量結果會存在很大干擾。
針對可能對SO2測定產生的干擾，在紅外微流傳感器的前端設置可專門吸收HC波長的氣體吸收過濾室，zui大限度消除大部分HC化合物對SO2測量結果的影響。
在排放的碳氫化合物組成復雜的特殊條件下，如果需要*消除HC對SO2的影響，還可以考慮在煙氣流路中增加HC物理化學過濾器，以保證實際測試的精度。
4.3 測試分辨率對紅外儀器的影響
隨著污染物治理的加強，大量脫硫、脫硝裝置得以應用，污染物實際的排放濃度也越來越小。這對便攜紅外煙氣分析儀的測試分辨率也提出了更高的要求。
很多儀器為提高零點穩定性，會采用不同的算法，以保證減小零點的波動；還有如前所述，為了補償水分的干擾影響，也會采用零點補償方式。這樣的直接結果就是在進行零點附近的低濃度測試時儀器沒有反應。
參考《固定污染源廢氣 二氧化硫的測定非分散紅外吸收法》（征求意見稿）的編制說明，對紅外分析方法檢出限和測定下限采用兩種方法進行評價，一是按照ISO 7935-1992，儀器方法檢出限為0.57-3.5 mg/m3，測定下限為3-10 mg/m3；二是按照HJ 168-2010，儀器方法檢出限為0.77-1.3mg/m3，測定下限為4-6 mg/m3。
為保證低濃度測試條件下的測試效果，便攜煙氣分析儀的分辨率應不超過3mg/m3（1ppm），的國產煙氣分析儀已經可以做到0.5mg/m3（0.2ppm），以滿足更多測試條件下的應用。